Defterlerini elektronik ortamda oluşturacak, kaydedecek, muhafaza ve ibraz edecek kişilerin mutlaka dikkat etmesi gereken birtakım hususlar mevcuttur. Bunlardan ilki, kağıt üzerinde tutulmakta olan defterlerini elektronik ortama taşıyanların fiziki defter tutmaya devam edemeyecek olmalarıdır. Yani e-Defter’e geçiş halinde fiziki defterlerin usulünce kapanış tasdiki gerekmektedir.
İkinci olarak, e-Defter başvurusunda bulunacak tüzel kişi mükelleflerin mali mühür; gerçek kişi mükelleflerin ise mali mühür veya nitelikli elektronik imza sahibi olmaları gerekmektedir. Zira e-Defter başvurusu dahil olmak üzere defter ve kayıtlara yönelik ispat şartı mali mühür, nitelikli elektronik imza veya zaman damgası ile güvence altına alınmıştır.
Bundan başka, defterlerini elektronik ortamda oluşturacak, kayıt ve ibraz edecek mükelleflerin, bu işlemleri gerçekleştirirken kullanacakları yazılımın Gelir İdaresi Başkanlığından uyumluluk onayı almış bir yazılım olması şarttır.